Determinants of RNA metabolism in the Schizosaccharomyces pombe genome - Appendix

3 Estimation of RNA metabolism rates from 4tU-Seq data 3 3.1 Overview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 3.2 Junction Model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 3.3 Exon model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 3.4 Uracil Bias . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3.5 Cross-contamination . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3.6 Expected number of reads given RNA species concentrations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3.6.1 Expected number of reads . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3.6.2 Controlling for overall amount of labeled RNA and sequencing depth . . . . . . . . . . . . . 4 3.6.3 Controlling for TU length . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4 3.7 Parameter estimation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 3.7.1 Estimation of the dispersion parameter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5 3.7.2 Overall estimation procedure . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3.8 Rescaling of synthesis rate . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3.9 Comparison of junction and exon model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 3.10 Note on incorporation lag time . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7